臺灣四面環海，蘊藏豐富的海洋資源，目前臺灣已累積31種鯨豚紀錄，佔全世界90種鯨豚紀錄的1/3。然而在面對海洋資源的巨大開發壓力下，如何減少對生態的衝擊，乃為當前重要課題。
本部門具備海洋哺乳類（鯨豚）之調查技術、設備、專業人力與實務經驗，可提供服務項目包括：海上目視調查及被動式水下聲學監測，執行現場調查工作，蒐集環境因子資料、數據分析評估、文獻彙整、教育訓練課程、生態影響評估、擬定相關保育措施、出席相關權益人會議以及海域生態調查報告撰寫等多項專業服務:
- 海洋哺乳類調查
- 評估海洋哺乳類生態計畫
分析海洋哺乳類族群分佈及時空變化，建立台灣海域海洋哺乳類生態資料庫。
- 研擬海洋工程減緩對策計畫
針對海洋工程施工前、中、營運後三階段，對於海洋哺乳類之影響分析，提供海洋生態減緩對策計畫。
- 教育訓練課程培訓
本公司提供海洋哺乳類調查訓練課程，鯨豚目視調查及水下聲學佈放實務經驗回饋，培育對於海洋哺乳類調查有興趣的人才種子。
- 海洋哺乳類相關專業知識顧問諮詢
本公司提供海洋哺乳類調查、生態影響、海上施工減緩對策及海洋調查人才培訓等多種專業顧問諮詢。
- 鯨豚目視調查:
利用海洋目視調查法，針對不同調查目的，搭配不同調查航線規劃設計，蒐集海域海洋哺乳類動物群族分佈及海域水質資料，後續利用GIS、Photo ID辨識等資料分析。
- 被動式水下聲學調查:
被動式水下聲學為重要的鯨豚調查方法，因不受天候、視線等限制，搭配目視調查可更完整了解鯨豚生態狀況。本公司使用之水下收音機為Soundtrap 300 HF，可有效收錄在20 Hz－150 kHz頻率範圍間的聲音，取樣頻率最高可達576 kHz，其規格可有效監測包括中華白海豚、露脊鼠海豚等各種發出超音波脈衝聲波的齒鯨。透過將收音機佈放於海床上收音，再透過聲學指標分析，以了解環境之潛在棲地品質，給予業主相關生態保育建議。
本公司收錄之中華白海豚哨叫聲。透過軟體分析，可將聲音檔視覺化為時頻譜圖，橫軸為時間，縱軸為頻率，顏色代表能量密度變化。圖中3-10 kHz間有一系列不同特性之窄頻哨叫聲。
實務經驗(光宇):
「105年海洋竹南離岸式風力發電計畫」環境影響評估環境監測計畫水下聲學監測。
委託單位：光宇。
本計畫在苗栗縣外海的海洋竹南離岸風場進行水下聲學監測，在崎頂海水浴場外海至外埔漁港外海之間建置5處監測站。針對中華白海豚最頻繁使用的生物聲納，本研究利用高頻脈衝波偵測器自動搜尋水下錄音中的中華白海豚聲音，反應白海豚在此海域之出沒情形。利用白海豚聲音監測資料，本團隊可提供白海豚最主要活動地區提供工程迴避，以及利用白海豚偵測率，可以建議施工時間規範以及施工前後白海豚出沒情形之比較施工對於白海豚之影響。